L'origine de la capoeira est indissociablement liée à l'itinéraire des esclaves noirs au Brésil. Cet itinéraire commence vers 1530, date officielle du début de la colonisation du Brésil (Le Brésil fut découvert en 1500 par Pedro Álvares Cabral, mais ne présentait, mis à part le pau brasil (arbre à teinture qui donna son nom au pays), que peu d'intérêt au Portugal alors trop occupé par le commerce en Asie). Les Portugais introduisirent la canne à sucre sur le littoral Brésilien et importèrent des esclaves Africains pour la cultiver, car les amérindiens succombaient trop vite aux maladies importées par les Européens. Les esclaves étaient d'abord mis dans des feitoras, bétail humain entassé dans un enclos, en attendant les cales infectées des négriers. Vu le prix de base peu élevé de la "marchandise", les trafiquants surpeuplaient leurs bateaux d'un demi millier d'individus pour faire plus de profit. À cause des conditions précaires durant la traversée de trois mois, environ 400000 personnes perdirent la vie lors du voyage. Quatre million de personnes furent vendues jusqu'au milieu du 19ème siècle, quand le trafic fut officiellement aboli par la loi Queiroz. Le trafic d'esclaves fut aboli en 1850 par la loi Eucébio de Queiroz. Néanmoins des Africains furent passé en fraude au Brésil presque jusqu'à l'abolition de l'esclavage en 1889.
Trois groupes Africains majeurs contribuèrent en grande partie à la population esclave au Brésil: le groupe Soudanais composé principalement par les peuples Yoruba et Dahoméen, le groupe de peuples Malais et Haussa, et les peuples Bantou d'Angola, du Congo et de Mozambique. Dans les colonies il furent entremêlés sur les plantations pour rendre les rebellions organisées plus difficiles. Néanmoins, l'histoire reprend, en plus des continuelles échappées individuelles, d'importantes révoltes contre la captivité. Mainte fois, après s'être échappés des senzala (nom donné au quartier d'esclaves à la plantation), ils fondèrent des villages indépendants, appelés quilombos, dans l'arrière-pays. Il y avait au moins dix quilombos capitaux avec une organisation socio-économique interne et des relations commerciales avec des villes voisines. Le Quilombo dos Palmares a duré soixante-sept ans à l'intérieur de l'état d'Alagoes, repoussant presque toutes les expéditions envoyées pour le décimer.
Malgré l'oppression, les Africains et leurs descendants ont développé un univers culturel, social et politique extraordinaire en parallèle au système social qui leur fut imposé, gardant beaucoup d'expressions de la culture Africaine vivante, certaines gardées traditionnellement, d'autres assumant graduellement de nouvelles formes.
Il y a beaucoup de théories sur l'origine de la capoeira et bien que nous présentons ici plusieurs de ces théories, loin de nous l'idée d'affirmer que cette liste est complète ou même qu'une des théories ci-dessous soit plus correcte qu'une autre.
Selon Augusto Ferreira, la Capoeira est né d'un brûlant désir de liberté. Uniquement par l'effort de ces hommes, les esclaves se libéreraient et retourneraient à la vie de liberté qu'ils avaient connu dans leur pays. Les premiers pas vers cette reconquête furent faits quand les Hollandais attaquèrent la colonie Portugaise, envahissant les villes et plantations le long de la côte nord-est, se concentrant sur Recife et Salvador. Avec chaque invasion hollandaise, le dispositif de sécurité des plantations et villes était affaibli et les esclaves, tirant avantage des opportunités, s'enfuyaient, plongeant dans la forêt à la recherche d'endroits sûrs où se cacher et survivre...
À l'époque, la terre le long de la côte était séparée des terres intérieures par une bande de forêt de type Amazonienne, et c'est dans cette bande, par endroit 100 km de large, que les meilleurs caches se trouvaient. Ces zones étaient connues sous le nom de capoeiras.
La capoeira a développé sa structure de combat dans les quilombos. L'embryon de la capoeira comme style de combat rudimentaire fut créé dans les quartiers d'esclaves, et ne se serait peut-être pas développé plus loin si restreint seulement à cet environnement. Ce n'aurait pas été plus qu'une série de mouvements d'attaque, utilisant surtout la force musculaire du pratiquant. Ce serait resté un style essentiellement rustique utilisé pour évincer les agressions des maîtres des esclaves. Le développement de la capoeira comme combat s'est fait dans les quilombos, parce qu'elle était nécessaire non seulement comme défense contre l'agression physique, mais comme défense en situation de vie ou de mort dans lesquelles l'assaillant n'utilisait pas seulement des fouets, mais aussi des armes mortelles, même des armes à feu.
Une autre indication que la capoeira était utilisée par les gens de Palmares est sa diffusion dans de grandes parties du Brésil. Quand les quilombos furent détruits, les guerriers ne pouvaient pas rester ensemble et furent dispersés sur plusieurs états, jusqu'à même Rio Grande do Sul, et avec eux allait leur lutte.
Jair Moura citant Albano de Neves e Souza de Luanda a écrit ceci.
Au sein des Mucupe dans le sud de l'Angola, il y a le n'golo (danse du zèbre) qui a lieu durant l'efundula, la célébration de la puberté des jeune-filles, quand elles arrêtent d'être des filles et passent au rôle de femme, prête pour le mariage et le soin des enfants. Le garçon qui gagne le n'golo peut choisir une femme parmi les nouvelles initiées sans payer la dot. Le n'golo est la capoeira. Les esclaves du sud qui allaient au Brésil ont pris avec eux la tradition de combattre avec les pieds. Avec le temps, ce qui était principalement une tradition tribale fut transformé en une arme d'attaque et de défense...
Une autre théorie attribue l'origine de la capoeira au jeu que pratiquaient les esclaves en attendant l'ouverture du marché d'oiseaux à la Rua da Praia de D.Manoel, à Rio. Le nom capoeira viendrait du nom du panier dans lequel ils portaient leurs poulets sur la tête. (En Portugais moderne, capoeira signifie basse-cour)
Les racines du mot capoeira peuvent aussi être rapporté à la langue Guarany, la langue indigène à la base de la majorité des dialectes Indiens Brésiliens. En ce cas-là capoeira se rapporte au bois, aux feuilles, aux arbres, à la forêt général.
Antenor Nascentes croit que le jeu de capoeira vient de l'oiseau odontophorus capueira spix, communément appelé capoeira. C'est une espèce de petite perdrix qui vit en groupe dans le sud des états de Bahia, Mato Grosso, São Paulo, Paraná, Santa Catarina et Rio Grande do Sul. Le mâle capoeira est très jaloux et s'engage dans de violents combats avec ses rivaux. En conclusion, il écrit "... les pas de dextérité de ce combat... est comparable aux pas des gens qui utilisent l'agilité et l'adresse dans le combat simulé de capoeira avec l'amusement comme but."
L'histoire écrite de la capoeira commence au 19ème siècle. Le plus ancien texte descriptif sur la capoeira a été écrit par Melo de Morais Filho, docteur et historien estimé qui a documenté les traditions populaires du Brésil. Durant les deux premiers siècles de la colonisation, le Portugal n'a pas porté grande attention à sa colonie Sud-américaine autre que l'exploitation de ses ressources naturelles. La croissance des villes sans planning économique et socioculturel garantissait une vaste population errante. Ces gens furent attirés par la capoeira, qui leur procurait non seulement le bénéfice de divertissement mais aussi un puissant moyen d'attaque et de défense, et pour beaucoup, une arme pour leurs crimes de survie. L'identification du malfaiteur avec la capoeira était si répandu que le mot capoeira devenait un synonyme pour bandit et voleur.
En 1808 le monarche Dom João VI a fui le Portugal et a établi le centre de son empire au Brésil pour éviter une invasion française. Dans son programme économique et social il créa le première force de police organisée au Brésil. Quatorze chefes de policia (chefs de police) se sont succédés jusqu'à 1831, faisant de la vie du capoeiriste un règne de terreur constante. Durant cette période beaucoup de faits historique successifs ont influencé la dynamique sociale du pays, avec des répercussion évidentes sur la capoeira.
En 1815 le Brésil devint une monarchie.
En 1822 le Brésil signa sa déclaration d'indépendance et devient un empire.
En 1850 le trafic d'esclaves fut aboli.
En 1865 le Brésil s'allie à l'Argentine et l'Uruguay contre le Paraguay.
En 1885 la loi Saraiva Cotegipe (aussi appelé lei sexagenário) libère tous les esclaves à l'âge de 65 ans.
En 1888 la loi d'or abolit l'esclavage sans compensation pour les propriétaires d'esclaves.
En 1889 l'empereur est détrôné par l'armée et la république est proclamée.
Le nombre de vagabonds, ... fut agrandi des vétérans de la guerre de Paraguay, par des gens des quilombos détruits et par d'anciens esclaves qui ne furent pas intégrés adéquatement dans la société. Si ces gens n'étaient pas des capoeiristes, ils étaient vite attiré par l'art. Le répression officielle de la capoeira fut intensifiée.
De temps à autre, les capoeiristes étaient considérés comme des héros, comme quand ils ont été au front durant la guerre de Paraguay ou quand ils ont aidé à suffoquer une rébellion de soldats étranger en 1828 (Le gouvernement avait fait appel à des mercenaires pour renforcer ses troupes durant la guerre de Rio de Prata. Non content du traitement du gouvernement, plusieurs bataillons se sont rebellés, ont quittés le quartier général pillant et tuant d'innocents passants. L'incident fut clos quand les soldats furent confrontés par un groupe de capoeiristes. Bien qu'armé de fusils, les soldats ne pouvaient pas se défendre contre les battons, rasoirs, pierres et ruses des capoeiristes. Ils tombèrent dans les rues et les places, la majorité blessée et une partie mort).
Durant les derniers jours de l'empire Brésilien, les conflits entre les monarchistes et les républicains étaient fréquents. Pour protéger la princesse Isabel, les monarchistes ont créé la Guarda Negra (garde noire), composé de noirs, de mulâtres et beaucoup d'esclaves libérés. Ces hommes étaient extrêmement dévoué à la princesse parce qu'elle avait signé la loi abolissant l'esclavage. La guarda negra a combattu les républicains jusqu'au dernier souffle de l'empire. Furieux, les républicains jurèrent de tuer ses membres; si la monarchie n'avait pas réussi à effacer la capoeira du pays, la nouvelle république allait essayer.
À l'aube du vingtième siècle la capoeira était répandue, utilisée par des malfaiteurs, des gardes du corps, des mercenaires et des politiciens qui veulent influencer le résultat des élections. En 1920 le chef de police de Bahia, Pedro de Azevedo Gordilho engagea son entière force de cavalerie contre les malfaiteurs, les rodas de capoeira, les terreiros de candomblé et les afoxes, faisant de lui l'ennemi numéro un des capoeiristes de Bahia.
La répression de la capoeira diminua après qu'une révolution militaire mit Getúlio Vargas au pouvoir en 1930. Pour augmenter le support populaire, le chef de gouvernement institua un régime de législation paternaliste tout en soulageant la répression d'expressions culturelles populaires comme la capoeira. En 1932 Mestre Bimba fut le premier mestre à ouvrir une école de capoeira formelle. Le 9 juillet 1937 le cours de l'histoire de la capoeira changea de direction, quand l'école de capoeira de Mestre Bimba fut formellement reconnue par le gouvernement à travers l'office de l'éducation et de l'assistance publique.